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在亚特兰斯蒂文明时代，亚特兰斯蒂人集种族之力，创造出了虚拟世界【乌托邦】和【乌托邦】的管理者——超级人工智能牧者。
为了确保【乌托邦】不会被破坏，亚特兰斯蒂人倾尽资源为【乌托邦】打开了一副“铠甲”，也就是存放【乌托邦】的伊甸园。
通俗一点讲，伊甸园是基地，【乌托邦】是主机。
伊甸园外壁用特殊材料打造而成，即便核弹也无法破坏。
正是由于伊甸园无比坚固，抵御住了万年前的灭世大洪水和地震，让伊甸园内部设备得以完整保留，【乌托邦】因此延续下来。
伊甸园内部空间极大，能源来自可控核聚变，可供【乌托邦】和整座基地使用十万年。
因为【乌托邦】是亚特兰蒂斯人类的精神家园，因此不容破坏，这里的安保措施极为严密。
在亚特兰蒂斯文明后期，大部分人类已经沉溺虚拟世界无法自拔，少部分清醒之人组成了“反乌（托邦）联盟”，试图摧毁【乌托邦】，将人类虚幻的享乐中解救出来。
为了防止“反乌联盟”入侵破坏，亚特兰蒂斯人在伊甸园入口处设置了基因锁。
这是最高等级的防护措施，一个基因锁对应一组密钥。
所谓的密钥，是一种基因序列。
只有体内具有指定基因序列之人，才能开启镜之门。
而柯南，就是拥有这种指定基因序列之人。
说起这个，不得不提“执钥计划”。
伊娃作为牧者开发团队的重要成员，她生前拥有自由进出伊甸园的权限。
亚特兰蒂斯文明毁灭后，她以意识形态潜伏【乌托邦】万年，趁百年前以实体身份来到人类世界时，偷偷将一份密钥带了出来，并交给了乌丸莲耶。
乌丸莲耶知道，要想反攻牧者，就要进入伊甸园，而这份密钥，就是进入伊甸园的钥匙。
不过密钥必须为活体，也就是说，别人带着柯南的血来到镜之门，是无法打开镜之门的。
在基因工程取得一定成果之前，乌丸莲耶只能将密钥小心保存。
待基因工程有一定发展后，寻找载体的工作提上日程，于是在乌丸莲耶和工藤仁杰启动了执钥计划。
由于密钥关乎人类反击牧者大计，重要性不言而喻，必须找一位各方面都无可挑剔的人做载体。
乌丸莲耶授意工藤仁杰寻找这方面的人才。
考虑到植入基因可能给身体带来的负面影响，载体最好是年龄在15~20岁的年轻人。
工藤仁杰为此考察了许多年轻人。
当年的赤井秀一、羽田秀吉、安室透都在他的考察范围之内。
赤井秀一和安室透虽然综合能力超强，却还是差点火候。
他们的武力值足够，但推理能力没能达到工藤仁杰的要求。
羽田秀吉的头脑超好，胜过赤井秀一和安室透，不过他的心思全在将棋上面，性格不够锋利，而且身体较弱，没有格斗能力。
加之当时基因技术还不够成熟，工藤仁杰最终放弃了三人。
长江后浪推前浪，一代新人换旧人。
十多年后，又涌现出了一批超凡脱俗的年轻人，如服部平次、怪盗基德、白马探、世良真纯等。
他们完全不输当年的赤井秀一等人，尤其是服部平次和怪盗基德，其头脑、身体、心智和品德都没有太大问题。
但最终，工藤仁杰放弃了服部平次和怪盗基德，选择了自己的亲孙子。
工藤新一从小就展现出了极强的推理能力，到了高中时，已经成为家喻户晓的侦探，被誉为“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。
服部平次和怪盗基德足够优秀，但在最重要的推理方面，服部平次偶有瑕疵，而工藤新一渐臻完美。
经过无数案件的锤炼，工藤新一已经隐隐有宗师气象。
暗中考察新一数年后，乌丸莲耶和工藤仁杰决定在新一身上开展执钥计划。
至于计划的实施，则由琴酒亲自执行。
于是，琴酒一棍子打晕工藤新一，开启了名侦探柯南的故事！
所以，柯南并不是a药副作用下的偶然产物。
工藤新一化身为江户川柯南，是一种必然。
他是乌丸莲耶“百年计划”的重要组成部分。
那日琴酒除了给他服下变小药，还用最前沿的基因编辑技术，将密钥基因打入他细胞内，成功让他成为密钥载体。
听完赤井务武的讲述，柯南和其他人再一次惊呆。
他们已经不记得自己惊呆过多少次了。
此时此刻，柯南终于明白了为什么琴酒说一开始就知道他是工藤新一。
原来，自己的一举一动一直在组织的眼皮底下。
想到爷爷拿自己当载体，他心中有种说不出的感觉，他不恨爷爷，但这种感觉并不好受。
此刻容不得他细想这些，因为众人已经身处伊甸园中。
众人小心翼翼朝前走去。
通道内没有多余设备，周围一切都是简洁的。
虽然简洁，却处处透露着高科技感，仿佛置身未来世界。
通道内死寂一片，除了众人的呼吸声和脚步声，听不到任何声响。
众人经过几道合金门，来到了一座大厅。
这是一座大的出奇的大厅。
众人再一次被眼前的景象惊呆。
大厅正中是一台足有十层楼高的庞然大物。
庞然大物是一座金字塔形状的设备，四个斜面是镜之门一样的镜面。
这，就是牧者管理的虚拟世界【乌托邦】！
亚特兰蒂斯文明的科技水平显然远超人类，伊甸园是存放【乌托邦】的基地，但这里简洁的令人发指，完全看不到人类机房中那些巨大的通风降温管道以及一排排的服务器等等。
由于【乌托邦】完全包裹在镜面之下，众人看不到内部结构。
众人甚至不确定这东西是否在运转，因为【乌托邦】跟人类的服务器不一样，它没有指示灯，也没有风扇和硬盘的轰鸣声。
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